É importante ter em conta que a ontologia estuda os seres tal como são e não com base nos fatos ou nas propriedades particulares que se obtêm das mesmas.
Entre as principais questões abordadas pela ontologia, destacam-se as entidades abstractas. Os números e os conceitos, por exemplo, entram no conjunto das coisas abstractas, ao contrário dos seres humanos, das mesas, dos cães e das flores. A ontologia questiona-se sobre que critério deve ser usado para estabelecer se uma entidade é abstracta ou concreta, tendo em conta que há entidades abstractas que não se sabe se existem.
A ontologia também reflecte sobre os universais (as propriedades ou os atributos). Estes referentes justificam a forma de se referir aos indivíduos: os ontólogos ainda debatem sobre a existência dos universais nas coisas ou na mente.
A distinção entre o mental e os processos físicos da mente constitui outro problema ontológico. O mental não costuma ser acessível do ponto de vista físico (uma ideia não se encontra como tal dentro da cabeça, pois surge na sequência de um processo físico); portanto, a sua existência ontológica não está provada.