Uma célebre controvérsia na igreja primitiva dizia respeito às sanções contra aqueles que haviam cometido apostasia durante a perseguição e depois retornado à igreja quando os cristãos não estavam mais sendo perseguidos. A questão em jogo era se os apóstatas deveriam ser aceitos novamente na igreja. Alguns dos primeiros imperadores cristãos acrescentaram sanções civis às leis eclesiásticas relativas aos apóstatas. Certos teólogos dos séculos IV e V consideravam a apostasia tão séria quanto o adultério e o assassinato. No século 20, a Lei Canônica Católica Romana ainda impunha a sanção de excomunhão para aqueles cuja rejeição da fé se enquadrava na definição técnica de apostasia. Mas a ausência de sanções civis e uma crescente tolerância a pontos de vista divergentes tendem cada vez mais a mitigar a reação dos crentes àqueles que rejeitam o cristianismo.
O termo apostasia também tem sido usado para se referir àqueles que abandonaram os estados monásticos e clericais sem permissão.
